根据中国的软件著作权登记管理规定，软件著作权登记的代理机构应当是由国家版权局认定的具备资质的机构。

因此，上海软件著作权登记代理应当是由上海市版权局认定的代理机构。

一般情况下，软件著作权登记的代理机构是根据地理位置来划分的，即代理机构的资质和权限通常限定在其所在的省市范围内。

因此，如果您需要在上海进行软件著作权登记，最好选择上海的代理机构进行代理。

然而，如果您希望选择其他省市的代理机构进行软件著作权登记，可能会存在一些限制。

首先，您需要确认该代理机构是否具备相应的资质和权限，能够代理您所在省市的软件著作权登记。

其次，不同省市的登记要求和流程可能存在差异，您需要了解并满足相应的要求。

总之，软件著作权登记的代理机构通常是根据地理位置划分的，建议选择所在省市的代理机构进行登记。

如果选择其他省市的代理机构，需要确认其资质和权限，并了解相应的登记要求和流程。